在线绘制热图-PCA,heatmap热图在线绘制工具

先通过K均值聚类算法,把这些基因聚成30类来画热图。

绘制热图,最常用的是R语言,当然也能用GraphPad Prism做。但如果数据量不是特别大的话,这里推荐一个在线工具ClustVis,但数据量大时还是容易卡顿。不同基因在不同样本中的表达量,可能会跨越好几个数量级,这样就会把色键分得很细,所以通常会对表达量取对数,或取Z-score,这样色键的范围一般就在个位数内变化。

另一个不太卡的在线工具叫Morpheus,博大研究所开发的。还有桌面软件HemI,华中科技大学开发的。

热图绘制教程:

首先清除环境变量,设置工作目录,工作目录是R用来读取文件和保存结果的默认目录。我一般是在C盘新建一个文件夹当做R的工作目录,所有的文件都复制到这里面处理。安装我们绘图需要用的包,如果已安装,直接加载就好了。演示数据不是内置数据集。设置标准化方向scale,对其横向标准化。设置边框为白色,去掉横向、纵向聚类。去掉横纵坐标中的id。去掉横轴和纵轴的名称。

这样就可进行热图绘制了。

PCA,heatmap 图都是经典的群体分类展示图,用R画网上教程很多,不过如果R没有配置好,或者R包装不上,再或者急用又不想花费时间对图进行美化,那么下面的工具就很适合。

Clustvis,网址链接是:

数据导入属于一键式导入,网站自带行列注释判别功能。

实例文件格式(网站有转置功能,不用纠结行列):

网站使用很简单,就不上说明了!