venn diagram在线作图-R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagram

1.  背景介绍

韦恩图(Venn diagram),是用于展现集合之间大致关系的一类图形,常见于多个或多组样本共有或特有信息的可视化展示。其中,圆形或椭圆形重合部分(overlap区域)就是集合与集合元素的交集(共有部分),非重叠部分即为特定集合的特有元素(独有部分)。韦恩图常用于微生物组研究(扩增子测序、宏组学研究)及转录组相关研究中。

2.  操作方法

操作界面

2.1.  参数设置

l 展示模式(Display mode): Arial或Sens-seirf

l 字体选择(Font family):Arial  或Sens-seirf  或Serif 或Monospace

l 字体大小(Font size):8px  9px  10px  11px  12px  13px  14px

l 是否需要根据统计列表显示统计信息:是 或 否

l 是否显示开关按钮面板(如提供三个以上列表):是 或 否

l 是否用问号(?)代替交叉点计数大小:是 或 否

l 选择列表中的元素: 输入元素名

2.2.  信息上传

有三种文件录入方式进行VENN图的绘制:

2.2.1. 直接粘贴:将对应每个分组(样品名或分组名)中包含的元素直接粘贴到对应的List列表中;在对应样品名或分组名的文本框中,可直接修改样本名/分组名。如下图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:

2.2.2. 单文件上传(适用于一组内只有一个样本的分析):

第一步:定义上传参数

> 分隔方式: 制表符;逗号;分号

>使用第一行作为标题:是   否

第二步:浏览并选择文件:这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:

2.2.3. 元素文件及分组文件上传(适用于一组包含多个样本信息的分析)

第一步:上传元素列表。这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:

第二步:上传分组列表。这里的文件格式为txt格式,每一行为一组,一行内包含每组的每个样本名称信息,样本间可以用逗号分隔开,如图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图

2.3. 作图调整

2.3.1. 颜色调整:点击对应分组名或样本名后的色块,可以直接调整该列显示的作图颜色,点击选择颜色,对应列展示的颜色会自动调整为选择的颜色:

2.3.2. 元素构成展现:

在Venn图中点击对应色块位置,会在左下方提示框中显示该色块内包含的元素构成

2.4.  结果导出:

点击Venn 图右上角按钮,可以选择以PNG、SVG或CSV列表格式导出venn图分析图片及分析结果列表。

其中CSV列表中,包含全部样本组的共有与特有元素信息,如图示(局部):

韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。

例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时,常需要展示多组间共享的差异基因数量,这个时候就要使用到韦恩Venn图。例如以下示例,植物组织中响应7天氮缺乏(-N_7d)、7天磷酸盐缺乏(-Pi_7d)和盐胁迫(d)、冷胁迫(e)或干旱胁迫(f)的差异表达lncRNA的Venn图。

文献中通常提到,这些Venn图一般通过一些R包(如VennDiagram)来做。

本篇教程,就让我带您学习如何使用R包VennDiagram绘制Venn图,以及如何统计各组元素的交集。

首先准备输入数据。既然期望比较各组共有/特有元素,那么就可以将各组中所包含的元素提取出来,粘贴到一个新的列表中。

如下图示例,一共包含4个分组,group1-4,下方是各组中所包含的元素名称。各列不等长没关系,某一列内有重复的值也没关系,后续读到R中后能够自动识别并去除空值或重复值。

接下来,将该文件读到R中,绘制Venn图。

VennDiagram包中的函数(),可以直接基于原始数据自动统计并绘制Venn图。

工作路径下输出一张图片“”,打开就是绘制的Venn图。

这是展示的两组的,再展示一个四组比较的。

同样地,工作路径下输出一张图片“”,打开就是绘制的Venn图。

以上自动读取原始数据,并统计各组之间的交集状态,获取共有元素的数量信息后,绘制Venn图,整个过程一气呵成。

但是,如果期望获得各组之间的交集元素具体包含哪些,并将这些交集元素的名称输出出来,应该怎样做呢?

VennDiagram包中的函数()可以实现这个功能,参考以下示例。

工作路径下输出文件“venn4_”,可以用Excel打开。

group1-4中,TRUE代表该组中出现的元素,FALSE则代表未出现的元素。

count为交集元素数量,values为交集元素名称。

R语言绘图包系列:

这个包支持列表或数据框的数据作为输入

1.4.1 美化颜色和大小

颜色填充参数:

fill_color - 默认是 c("blue", "yellow", "green", "red")

fill_alpha - 默认是 0.5

边线设置参数:

stroke_color - 默认是 "black"

stroke_alpha - 默认是 1

stroke_size - 默认是 1

stroke_linetype - 默认是 "solid"

集合名字设置:

set_name_color - 默认是 "black"

set_name_size - 默认是 6

图形中字体设置:

text_color - 默认是 "black"

text_size - 默认是 4

以上所有的参数都可以用于 ggvenn() 和 geom_venn()

1.4.2 展示元素

show_elements - 默认是 FALSE

label_sep - text used to concatenate elements, default is ","

1.4.3 隐藏百分比,改变百分比的小数点位数

show_percentage - 默认是TRUE

digits - 默认是 1

参数:

VennDiagram函数包最大能绘制5个数据集合的韦恩图。

参考:

R语言画维恩图--ggvenn

函数文档

The R Graph Gallery绘图教程