primer3.0在线设计引物-如何在Windows7系统中使用Primer Express 3.0

完全可以,PCR长度从50bp到数百都可以,不止局限于150-300个碱基对。楼上说的有道理,但是有一点要注意,最好计算一下扩增片段的Tm值,这样做溶解曲线的时候,光有一个峰还不够,而且得到的TM和你计算的Tm相吻合才行。

是否在翻译区没有影响。

Primer Express 3.0是ABI公司开发的一款用于荧光定量PCR引物探针的设计,也是此类软件中最广泛使用的软件之一。但是,Primer Express 3.0在XP系统中使用正常,而在Windows7中则会出现无法使用的问题。下面的方法可以解决这一问题。

在win7电脑上安装完Primer Express 3.0后,打开软件,点新建,发现没有出现序列输入窗口,软件无法正常使用。

关闭软件,在桌面图标上右键点“属性”,选择“兼容性”栏,在兼容模式中勾选“以兼容模式运行这个程序”,在下面的模式中选择“Windows2000”,确定。

这时候再打开软件,点新建,则出现序列输入框,就可以进行后续的引物探针设计了。

你是要pcr cDNA吗?

一般就是设计引物能够跨越至少一个exon-exon junction的,就是引物在两个exon的交界处,这样pcr的时候就不会有DNA污染。现在NCBI可以直接有引物设计,还可以选择上述的设计方式,或者可以通过找到cDNA序列然后自己在primer3上设计也可以～………………

引物设计流程:

1.通过已有文献确认所需扩增序列的名字。

2.从网上寻找该基因的全序列并存档,请确认序列引用页上“mRNA”标识。

3.复制序列,将之粘贴至在线软件“Primer 3”或“Primer 5”上,设定参数,设计引物并存档。

4.在给出的引物序列中选取一对,用在线软件“NCBI BLAST”检索。

5.在软件“Primer Primer”中粘贴全序列与引物序列,查找受否存在非特异扩增、互补片断和“发夹结构”。

6.将引物序列发送给值得信赖的公司合成。