primer引物设计软件-Primer Premier 5.0引物设计

Primer Premier软件的主要功能分四种,即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元(motif)查找和同源性分析功能

。前三种为其主要功能。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列＂朗读＂、DNA与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。

其他特点:

Primer Premier软件还可以针对模板DNA的来源以相应的遗传密码规则转换DNA和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择。

有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mito-chondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。

一、PCR引物设计原则

二、Primer Premier 5.0软件设计引物

三、引物设计步骤

①输入序列:安装好软件后,首先打开软件,左上角来操作,file-new-dna sequence,这一项可以把复制的序列粘贴进去,也可以选择另一个file-open-dna sequence去open一个新的文件。②点击Primer进入引物设计界面。③点击引物设计界面上的search按钮进行搜索选项设定。④点击搜索选项界面上的OK按钮可得到引物设计结果。⑤选择分值高的引物对作为实验合成引物选项。⑥根据需要对引物进行编辑。

优点:操作简单。缺点:不能保存分析结果。

Primer5.0软件优点:操作简单、显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。缺点:不能保存分析结果,只能选择打印。

PrimerPremier引物设计软件是一款加拿大Premier公司推出的引物设计应用软件,可以用来PCR或测序引物以及杂交探针的设计,快捷简单方便,不过是英文版,它主要由4个部分组成,分别是序列编辑窗口、引物设计窗口、酶切分析窗口、纹基分析窗口。