引物设计软件primer5.0-.Primer5.0软件使用的优点及缺点。

一、PCR引物设计原则

二、Primer Premier 5.0软件设计引物

三、引物设计步骤

①输入序列:安装好软件后,首先打开软件,左上角来操作,file-new-dna sequence,这一项可以把复制的序列粘贴进去,也可以选择另一个file-open-dna sequence去open一个新的文件。②点击Primer进入引物设计界面。③点击引物设计界面上的search按钮进行搜索选项设定。④点击搜索选项界面上的OK按钮可得到引物设计结果。⑤选择分值高的引物对作为实验合成引物选项。⑥根据需要对引物进行编辑。

优点:操作简单。缺点:不能保存分析结果。

Primer5.0软件优点:操作简单、显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。缺点:不能保存分析结果,只能选择打印。

PrimerPremier引物设计软件是一款加拿大Premier公司推出的引物设计应用软件,可以用来PCR或测序引物以及杂交探针的设计,快捷简单方便,不过是英文版,它主要由4个部分组成,分别是序列编辑窗口、引物设计窗口、酶切分析窗口、纹基分析窗口。

■Oligo 6

Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能:

● 已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列;

●按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物;

● 对环型DNA片段,设计反向PCR引物;

●设计多重PCR引物;

●为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现;

●分析和评价用其他途径设计的引物是否合理;

●同源序列查找,并根据同源区设计引物;

●增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中,可以Lock每个参数,如Tm值范围和引物3’端的稳定性等;

● 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用户可保存自己的特殊设置。

■Primer Premier 5.0

Primer Premier 5.0 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。

该软件主要由GeneTank 序列编辑,Primer引物设计,Align 序列比较,Enzyme 酶切分析和Motif 基序分析等几个主要功能板块组成。