引物设计常用软件-mega可以用于引物设计吗

一、PCR引物设计原则

二、Primer Premier 5.0软件设计引物

三、引物设计步骤

①输入序列:安装好软件后,首先打开软件,左上角来操作,file-new-dna sequence,这一项可以把复制的序列粘贴进去,也可以选择另一个file-open-dna sequence去open一个新的文件。②点击Primer进入引物设计界面。③点击引物设计界面上的search按钮进行搜索选项设定。④点击搜索选项界面上的OK按钮可得到引物设计结果。⑤选择分值高的引物对作为实验合成引物选项。⑥根据需要对引物进行编辑。

mega可以用于引物设计。mega本身就是引物设计软件,是能够用于引物设计的工作。引物设计是一小段单链DNA或RNA,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。

引物设计的原则是:

1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。

2、引物长度一般在15-30碱基之间。

3、引物GC含量在40%-60%之间,Tm值最好接近72℃。

4、引物3′端要避开密码子的第3位。

5、引物3′端不能选择A,最好选择T。

6、碱基要随机分布。

7、引物自身及引物之间不应存在互补序列。

8、引物5′端和中间△G值应该相对较高,而3′端△G值较低。

9、引物的5′端可以修饰,而3′端不可修饰。

10、扩增产物的单链不能形成二级结构。

11、引物应具有特异性。

常用引物设计软件

1、Oligo 6

Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能:已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列;按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物;对环型DNA片段,设计反向PCR引物;设计多重PCR引物。

2、Primer Premier 5.0

Primer Premier 5.0是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。