科研做图表软件-Graphpad，经典绘图工具初学初探

作图是一直是科研工作的一项重大工程,可以说是一篇文章的门面担当!

在这个看脸的世界,无论是论文中的科研图表,还是给老师汇报的PPT,都得讲究颜值与才华兼顾。

比如下面这位朋友,由于作图太丑,欲语泪先流!

科研作图是如此的重要,趁手的兵器(作图工具)自然是需要好好挑选!

目前常见的科研作图软件有以下几种:

这三种工具,都可以完成非常专业且好看的图,且1和3本人都在使用。

以上工具用的好,都非常强大,但较高的学习成本导致了较低的性价比。

所以,有没有那么一个软件,能像孙大圣的金箍棒一样,灵活而强大呢

EXCEL

不是

专门为科研作图而生,他的画图功能也并

没有

非常强悍,

但是EXCEL有着

较低的学习成本

(不等于没有)和

超级友好的交互界面

,熟练使用,绝对可以应付大多数的数据可视化工作。

我们以柱状图为例,看看EXCEL可以完成怎样的效果。

当你有许多个因素,不同水平的数据时,可以使用power pivot 和Slicer,

可以快速查看不同实验条件之间的变化趋势

科研作图核心科技:

现在,我们就来体验一下Excel和这个插件的魅力

上图中,Pivot Table就将不同的Condition 和 Gene的数据分组 , 求取每组的

平均值

,同理,我们还可以求

标准差

等!我之前的写的 qPCR自动计算程序 就很大程度上依赖于这个功能

这里演示一下整个统计过程:

神奇的时光总是很短暂,Excel和科研绘图插件的介绍也接近尾声,除了图标风格的设置,高质量的图标的导出,这个插件还有方差分析(ANOVA),线性回归(Linear Regression)等贴心统计功能。对于广大的科研工作者,简直香气四溢!

利用好Excel和他的周边,不断探索新功能,无论是科研还是办公领域,都可以让你有不一样的体验!

2020-07-05

Shawn

草图大师

我用过最好用的绘图软件就是origin。origin是originLab公司出品的较流行的专业函数绘图软件,是一款专业制图和数据分析软件,是公认的简单易学、操作灵活、功能强大的科学绘图与数据分析软件。它既可以满足一般用户的制图需要,也可以满足高级用户数据分析、函数拟合的需要。

origin界面简洁,语言还可以选择中文,操作非常简单。可以用一句话概括:想改哪里点哪里。下面是软件界面,把需要的数据导入,就可以选择绘图了。它还可以设置自定义模板,当你设置后某类绘图之后,点击保存为模板,下次就会直接按照保存模板的设置生成绘图了。

origin软件功能十分强大,是公认的“科研绘图神器”,绘图种类全面,这些绘图都是一键绘制。origin还有强大的分析拟合功能,可以完成几乎全部科研需要的分析拟合,包括神经网络等。origin软件还能加载一些插件,来进行一些复杂的绘图/分析。

origin绘制的图形有种特殊的科研味。origin虽然绘图基本都是一键生成,但想让绘图美观,需要认真设置。下面是我绘制的一些图形,以及文章链接:

origin科研绘图:3D瀑布图

origin科研绘图:论文柱状图/条形图绘制

origin科研绘图:3D饼状图

origin科研绘图:环形图

origin科研绘图:双y轴图

origin科研绘图:百分比堆积柱状图

origin绘图:误差的基本表达(一)

origin科研绘图:散点矩阵图

origin绘图:误差的基本表达(四)---误差棒型

origin科研绘图:论文多因子柱状图绘制

origin绘图:误差的基本表达(三)---置信区间型

origin绘图:误差的基本表达(二)

origin科研绘图:绘制论文散点图

origin科研绘图:2D饼状图

更多内容,在主页哦,期待您的关注。

软件简介:

AutoCAD 2022是由美国著名公司Autodesk倾力研发推出的一款全球知名专业计算机辅助设计程序。可广泛适用于如机械设计、工业制图、工程制图、土木建筑、装饰装潢、服装加工等多个不同行业领域。同时软件界面直观明了,各项功能齐全易用,不仅内置了专业强大的MEP、MAP 3D、PLANT 3D等各种智能工具组合,还具备了二维草图、图形和注释,以及三维建模以及可视化等功能,从而让广大用户能够轻松进行二维绘图、详细绘制、设计文档和基本三维设计等操作,从概念设计到绘图和细部设计、全方位满足你的使用需求,帮助你一键创建和 探索 前所未有的创意效果。

安装步骤:

1.选择我们下载的安装包,右键解压。

2.解压后,右键以管理员的方式运行安装包。

3.点击确定,等待文件解压完成,自动跳出下一个安装界面。

4.安装准备中……

5.勾选【我同意……】点击下一步。

6.点击【…】选择软件安装位置(建议不要安装在C盘,可在D盘或其它磁盘下新建一个“CAD2022”文件夹)。

7.点击下一步。

8.点击安装。

9.软件安装中……

10.点击右上角X关闭此窗口。

11.打开解压后的安装包,进入【Crack】破解文件夹。

12.复制acad破解文件到软件安装目录(参考第6步安装路径)。

13.打开图示路径,在空白处右键粘贴。

14.点击替换目标中的文件。

15.双击打开桌面CAD2022软件

16.软件安装完成,运行界面如下。

SU

位图特效类的photoshop

矢量类的illustrator或者coreldraw,图上示意的图表,其实ppt就能画出来。

针对需求选择。

对于二维平面图,最好的软件是AutoCAD,这款绘图软件易懂易学,实用性强。特别针对机械设计、工程设计等。

对于三维图,我使用的是UG,这款软件对于产品造型、模具设计等非常实用。

你都使用过哪些绘图软件呢?欢迎留言交流。

arcgis

由于不清楚具体指那个行业的绘图工具推荐,这里暂时理解为绘画软件。

下面是个人比较中意的绘图软件,希望能够给你带来一些选择。

手机绘图软件:妙笔生花

电脑绘图软件:PS

iPad绘图软件:Procreate

无所谓好坏,自己用得习惯顺手的就是最好的,我位图用PS,矢量图用CDR,三维用C4D,三维建模习惯在CDR里先绘制轮廓,然后取轮廓线导入C4D中修改,这几年一直这样用,得心应手

solidworks,功能强大,易用性好

大多数科研文章都离不开图表,尤其是图,熟悉一些绘图软件,并将图在文章和PPT中展示出来,是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分,生信宝典推出R的系列教程 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 讲解通过R语言绘制高颜值图。后来为了更加方便使用,生信宝典团队开发了在线绘图工具 ,支持14中常见图形和部分扩增子分析,深受欢迎,日均访问400次,累计访问数十万次,遍及世界各大洲,功能也在一直增加完善中。

后台不少朋友说有更多绘图的需求,故整理了

Graphpad

的使用,一是传播知识,二是向优秀软件学习,让 在线绘图 越来越好。

Graphpad , Origin和SigmaPlot

是科研领常用的三款统计作图软件,他们各有优缺点,经常需要配合使用。

今天给大家介绍的是Graphpad的基本使用方法

下面是Graphpad的欢迎界面

从

方框1

处可知Graphpad Prism 6为用户提供了

6种

基本统计图表选择;

方框2

处是对所选类型图表的解释说明,点击 Learn more 查看官方帮助文档;

方框3

处可以选择某一类型图表下的小分类;

方框4

处则提供了演示数据集,方便新手入门。

6种统计图表类型的说明和使用的统计方法介绍如下:

在此选择 grouped 下提供的第二个现成数据集进行作图演示。选好后直接点击 creat 即可。

上一步之后我们便进入了graphpad操作的主界面,

方框1

处展示的是我们的数据,每个大组表示三种不同的细胞系(wild-type cells、GPP5 cell line和GPP7 cell line);每行表示不同的处理(血清饥饿和正常培养);每组5个平行重复。

该实验数据存在缺失值,如第一行的A:Y4。

方框2

处是一个

目录树

导入数据后,点击 Graphs 即可出图,如下:

在这个界面中,可以根据自己的需求改变图的类型。初学者要敢于

乱点

,自己试试不同的选项,就能知道每部分是什么功能了。( 尝试出真知 )

上面初步作出的统计图并没有展示诸如组间差异的统计分析结果,那我们要怎么添加 * 以展示组间差异呢?

在欢迎界面有 enter and plot error values already calculated elsewhere 选项,说明可以从外部导入在别处做好的统计分析结果,那是要去其他地方做好计算再来作图吗?

不需要!因为Graphpad上便可直接做统计分析!!!虽然可以在别的地方先做好分析,但是并不建议这样做,直接一个操作更便捷。

首先确定我们的分析目标:

1)评估细胞系之间的差异是否超过预期;

2)评估处理之间的差异是否超过预期的偶然性;

3)评估处理之间的差异是否与每种细胞系一致;

4)计算不同处理的细胞系之间差异的95%置信区间。

因此我们需要进行

两因素的方差分析

,点击 Analyze ,从Grouped分析列表中选择 Two-way ANOVA ,并接受对话框中的所有默认选项。Graphpad人性化之处在于,会自动识别当前分析的数据结构,给用户展示出最优的默认分析选项。

之后的具体分析便需要一定的统计学知识了,初生牛犊别怕试,你会发现点击不同的选项时,图示也会跟着变化,十分方便用户理解。

1)第一部分:实验设计,最开始提到了该组数据是非配对的,选第一;

2)第二部分:多重比较选择,就是你想要横着比还是竖着比或是斜着比;

3)第三部分:选择做统计分析的一些参数。

上面都设置好后,点击 OK ,分析结果会展示到操作主界面,并且保存到左侧 目录树 下的 Results 文件夹中。

1. 图形编辑工具栏介绍

1)第一部分:文档操作模块,跟office类似,如打开、新建、保存、复制粘贴等;

2)第二部分:数据分析,即之前演示的对录入数据进行统计分析;

3)第三部分:图形编辑,这部分是该软件的精华所在。可对图形进行例如图形类型、坐标轴、误差棒、图形大小、颜色等编辑更改;

4)第四部分:文字编辑,可以在统计图上插图线条、添加文字等;

5)第五部分:图形输出,可将做好的图导出、打印或输出到word/PPT中。

2. 根据之前的统计分析结果,利用文字编辑工具给统计图添上组间差异的标志

1)draw:可以插入不同形状的线;

2)write:编辑文字,插入公式等;

3)双击图形中的任一元素,可对文字、线条等进行形状、大小、粗细等编辑

3. 坐标轴调整

点击 Change 中的

第二个图标

,或者在图中

双击坐标轴

,调出坐标调整工具;

坐标轴整体设置和X轴设置,见图解,一般不做太多改动;

重点讲解如何设置Y轴,做出

截断图

,这是统计作图中常见的问题。

之前的数据相差不大,不太适合做演示,故另外生成了一个柱状图。左边柱子值太大,右边柱子值太小,右侧的柱子几乎消失了,使图看起来很不协调。做一个

截断图

可以很好地解决该问题。

1)点击坐标设置中的 Left Y axis (一般作图默认只生成左边的Y轴);

2) Gaps and Direction 处选择 Two segments ,即将Y轴断裂成两部分(根据实际数据,还可以选择将Y轴断裂成3段);

3)在 Segment 处,对下段(Bottom)和上段(Top)的Y轴分别设置参数(Rang);

4)然后在 Regularly spaced ticks 下的 Major ticks interval 处设置Y轴数值标签;

length:50%,上下段的长度各一半;

minimum:下段最小值0,上段最小值150;

maximum:下段最大值10,上段最大值200;

Major ticks:下段每格大小为2,上段每格大小为10。

这样便将Y轴10-150中间部分截掉了,整个图便显得好看多了。

4. 颜色修改

点击 Change 中的

最后一个图标

,或者在图中

双击柱子

,调出调整参数的工具框;

利用graphpad做统计图的基本操作大概就是以上这些内容,掌握一个工具的使用方法并不难,多试试便会了。难的是背后的统计学知识,如何对自己的数据选择合适的统计分析方法?当掌握不同分析方法适用于哪些数据结构后,便可以举一反三,对不同实验设计的数据做合适的分析了。