生信在线工具-TBtools - 超过一万人在使用的生信小工具

在生物信息学分析中,通常要用到统计学的知识,具体的例子如下在paml计算选择压力时,计算正选择基因的显著性、基因家族收缩和扩张时的显著性、计算差异表达基因的显著性、富集分析等。对于这些分析通常都会有p值和校正之后的p值,那么对于我们什么时候用p值,什么时候用校正之后的p值,你知道吗?

P值是啥

P 值即概率,反映某一事件发生的可能性大小。统计学根据显著性检验方法所得到的P 值,一般以P < 0.05 为显著, P <0.01 为非常显著,其含义是样本间的差异由抽样误差所致的概率小于0.05 或0.01。实际上,P 值不能赋予数据任何重要性,只能说明某事件发生的机率。

纠正p是啥意思

通常意义上讲,p值<0.01,就保证了99%的准确性,在生信分析中,也就是说在100个个体中可能有1个是假阳性,这样误差在100这么大的样本量中是可以接受的,但是如果样本量为10万,那么就有1000个事假阳性,那么这样,我们可能就不会接受这么多的错误。处女座的人尤其如此,如果心理是可以接受找的到的结果少,但是必须准确。那么我们必须这么做啦。

对于一个个体,我们觉得99%的准确率就可以啦。同样我们要求第二个个体也要99%的准确率,并且二者要同时满足,也就是同时发生,那么p值必须是p1*p2,也就是说显著水平要满足<0.0001,才可以。

因此有一种校正的方法就是p<0.01/10^n;不过这种纠正过于严格,会丢掉超级多的真阳性。因此现在更多的是FDR校正,Bonferroni校正等。

是什么时候需要矫正呢

建议:单次检验或者样本量不超过100的时候,原始p值就可以啦。

多次检验或者样本量超过100的时候,建议使用校正之后的p值。

希望可以帮到你。

生信菜鸟团上大学之后,我上网找资料时发现的第一个博客就是生信菜鸟团,里面包罗万象,涵盖很多方面(初次发现时,就感觉自己进入了新的天地)rabbit gao's blog  我超喜欢这个师兄的博客里面的笔记,很直观,尤其是python那部分。他是以代码的形式展示内容。沈梦圆博客梦圆师姐,和我一样喜欢用熊猫头像,她的博客也是刚刚建立不长时间。师姐的文笔很赞,看里面博文相信对你有帮助的。生信日志|鸣一道鸣一道师兄的博客我比较喜欢的是R做图那一块plob这个我比较少看,不过内容也不错,我后续再写上这个博客的描述。陈连福博客 听说连福老师有开培训班,实力自然也不差。糗世界←欢迎来到糗糗的世界糗世界主要包括:序列比对与NGS  R/bioconductorcircos教程,其中糗世界关于R和bioconductor以及NGS的归纳总结特别详尽生信客部落生信客部落是我自己的博客,刚建不久(2016.9.3建的),我目前在准备考研,打理的时间不多。但相信是一只潜力股,有提升的空间。也欢迎博友们交换 "友情链接".hope博客  hope 他(她)有一篇关于生物信息学在线工具的总结,我特别喜欢科研动力“endnote使用宝典”,专注写endnote相关的内容。(注:endnote 是文献管理的软件,插入引用文献的神器)biochen生物伯臣生物里也蛮多归纳整理的Bob's Blog   bob这位兄弟的博客我接触不多,我后续补上描述.论坛(包括生信论坛和其他一些相关的网站):生信技能树生信技能树前面那个师兄有详细描述过。我也亲眼见证了它从无到有的过程,看着生信技能树感觉特别亲切,感觉就像自家的孩子一样。我自己由于准备考研和书写毕业论文的事情,在生信技能树建设的参与度不高。总之,好喜欢......生物信息学天空内容超全的一个生信论坛丁香园(生信板块)丁香园,就不解释了,一个国内最成功的论坛之一。医学生基本都知道的一个论坛。小木虫小木虫,里面蛮多资源的,也是国内最成功的论坛之一生物统计家园描述待输入...基因堂描述待输入biostars这是一个生信问答网站生信刷题网站ROSALIND | About 这个是一个生物信息的刷题网站,超多实战题(纯英文,既提高英语水平,又训练了自己的实战能力,何乐而不为)。实战走起......生物信息学在线工具网站生信客部落生物信息工具整合(包含在线工具与离线工具)C更新中这里面包含了一些生物信息学可视化工具,包含在线的工具和一些离线的可视化工具,由于目前个人水平有限,所以还有待继续完善

TBtools

命令行接口一直保留着我开始开发 TBtools 的时间。至今已有五年,也迭代了 至少150个的版本,累计不少于10000用户 。TBtools 与用户群体一直是共同成长。五年时间,直接可以覆盖了一个直博的硕士,从入学多到博士毕业并就职。

目前这个预印本,我觉得基本拿得出手,因为他可以大体说明清楚 TBtools 的一部分不错的特性。现,我将最新版本的预印本 解读如下。

简单阐释这张图中设计的功能:

TBtools 能干啥?我也不知道。

但是我知道,他必然得到认可。

五年前,TBtools 伊始。有不少人看不上,甚至吐槽 laji。

五年后,我看到一些平台,甚至是已经发表的软件在 copy TBtools 的一些交互式特点。虽然我个人觉得 TBtools 没发表,而我个人思考和设计出来的交互式模式被已发表的软件cp,有点别扭。不过,有 followers,却也说明 TBtools 流弊!

一句话总结:

只要你觉得自己做的是对的,那就一直做下去。

时间,会告诉你答案。