生信图有哪些-这几张图怎么看呀，哪位懂得生物信息学的帮忙看一下

fasta格式形式如下图,由两部分组成。

第一部分

:以大于号“ > ” 开头,接着是序列的标 识符“gi|187608668|ref|NM_001043364.2|”,然后是序列的描述信息。注意区分大小写,且不能出现空格,空格表示序列标识符结束;随后是序列的描述信息。所有来源于NCBI的序列都有一个gi号“gi|gi_identifier”,gi号由数字组成,具有唯一性。一条核酸或者蛋白质改变了,将赋予一个新的gi号(这时序列的接收号可能不变)。gi号后面是序列的标识符,标识符由序列来源标识、序列标识(如接收号、名称等)等几部分组成,他们之间用“|”隔开,如果某项缺失,可以留空但是“|”不能省略。

第二部分

:是序列本身信息,使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号,通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。一般每行60～80个字母。直到遇到下一个" > "结束。

fasta格式在拓展的文件命名中,一般会约定俗成:

fastQ格式形式如下图,由四部分组成。

第一部分

:由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的。

第二部分

:是序列。

第三部分

:由加号' + '开始,后面也可以跟着序列的描述信息。跟随着该read的名称(一般与@后面的内容相同),但有时可以省略,但“+”一定不能省。

第四部分

:是对第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟第二行的序列是相等的。

fastQ文件用途:样品测序返回的数据一般存储为fastq文件,通常是压缩文件 的格式,节省存储空间和传输时间。

这个图A不知道做的啥,所以看不出来。

图B,主要是分成九块,说实话光从heatmap上也看不出什么鬼

图C,可以看出Liver-F2的变化相对于其他两组是比较明显的。红色的点应该是特别选定的基因之类的。都是上调还是挺神奇的。

为什么 TBtools 用起来舒服,相比于不少其他软件,同质非同质的?我想了很久,可能原因之一,即“开发者即用户本身”,简单来说,“我写的软件是就是给自己用的”,而不是去满足其他人的什么需求。但事实上,只要是相关领域,大家的需求总是类似的。我从来专门征集过大家都普遍需求的功能,但只会开发我觉得对我有用的部分。这样的模式,应该是最合适的。

回到主题,Circos 图是目前生信大数据时代常用的可视化方式之一,可以全基因组尺度可视化各类 Track。TBtools 的 Circos 绘制功能,我之前就提过,写出来也只花了一个中午,因为我早就在 JIGplot 绘图引擎中加入的极坐标系功能,画 Circos 无非就是一个柱形图,再做一次极坐标转换....

前面的 Circos 主界面如下

咋看下去设计还可以,我们直接 Load 以前的 Project。加载完了如下

Show Control Dialog 即控制参数界面如下

为了解决上述问题,我思考了挺长,主要还是需要自己设计一个GUI功能。这应该是我个人的问题,我不太愿意使用一些第三方类库,如果是非开源,那么我没钱可以买授权;如果是开源,你用了那么就有一些奇奇怪怪的人喊你也要开源你自己的项目(PS:其实只要你不修改该项目源码,绝大多数时候并不需要开源自己的项目)。Anyway,只基于 Java 类库类做 GUI 其实也不容易,毕竟可用的组件还是20多年前的那些。大体折腾了下,得到如下

开发了这个组件之后,我们就可以通过简单隐藏菜单来实现。于是,补充另外一些新的调整,现在的 Advanced Circos 界面如下

点击可视化,可以看到

一两年前,有个朋友要用 TBtools 绘制 Circos 图,用来用去,可能不太习惯,最后他应该是放弃了。回头来看,原因简单。我自己用着也知道,确实原来的版本,用起来不舒服....现在优化好了,不过这个朋友估计也不会用了,或者也毕业了。

路漫漫其修远兮~希望这位朋友科研顺利,事业有成。