画热图最好的工具是什么-热图 | TBtools Heatmap 从入门到精通

先通过K均值聚类算法,把这些基因聚成30类来画热图。

绘制热图,最常用的是R语言,当然也能用GraphPad Prism做。但如果数据量不是特别大的话,这里推荐一个在线工具ClustVis,但数据量大时还是容易卡顿。不同基因在不同样本中的表达量,可能会跨越好几个数量级,这样就会把色键分得很细,所以通常会对表达量取对数,或取Z-score,这样色键的范围一般就在个位数内变化。

另一个不太卡的在线工具叫Morpheus,博大研究所开发的。还有桌面软件HemI,华中科技大学开发的。

2021年,新年第一天,我在忙着家里事情的间隙,分成五次(每次大概30min),录制了 TBtools 的热图(Heatmap)功能的介绍与参数详解。

TBtools 热图功能由软件作者 CJ 即本人从零开发。历时三年有余,目前已被广泛应用于系列已发表的SCI论文文稿。相比于常见热图绘制工具,TBtools 热图功能具有以下优点:

两年前,TBtools 热图功能开放伊始。我临时起意并录制过一段30min的教学视频。视频中,我大体讲解了旧版本 TBtools 热图的具体使用细节。而后该视频上传至腾讯课堂,目前已有累计近 5000 人观看,系列好评。在这两年期间,TBtools 热图功能已经经过我大量优化,目前可以做的事情远远超过当年,参数也极为丰富。一直有用户朋友提出让我更新这门课程,索性,我便抽空录制了一份。这门课程,大体情况如下:

TBtools 热图功能追求的是交互和个性化分析,所以并不支持数千上万的基因的表达矩阵快速可视化,这种情况,建议使用其他工具。

没有太多想说的,

祝大伙 2021 年新年快乐!

Emmm... 这段时间仍然在整理毕业论文的数据。这套数据,维度还是麻烦。表达量数据在做可视化时,总是觉得不够直观。为此,这三四天在外面忙事情的空闲时,我想到了一个不错的实现。

昨天发了一个推送,骗了大家一堆赞赏,合计了下,好像有300多,啊,十年后是否会捐更多?回到主题。

首先放出一张图

可以看到,这张图:

整体上,这样绘制出来的热图确实是可以体现一些信息,但是非常不直观,而且

不能很好的显示出样品之间的区别与联系

。

首先还是放上一张图,

在这个热图中,我们可以非常直观地观测,不同性别类型内部基因的表达变化,样本间的关系,也可能很好的对比到不同组织相同时期的表达差异。换句话是,

LayoutHeatMap让你获得更好的数据解读体验

。

LayoutHeatMap 这个热图工具的名字是我起的,这样绘制热图的方式可能是存在的,不过这类热图的绘制工具应是不存在的。

LayoutHeatMap相比于普通的Heatmap,就是增加了Layout,用户自己定义一个样品布局即可。

比如,全部放在一行(Note: 名字相同的会被合并居中)

其实,如果你乐意,你可以做成自己的Logo

可视化是为了更好的解决数据,而不是为了炫技。只是有时候两者会被结合在一起。