绘制热图的软件-R语言ggcorrplot包绘制相关性热图

点开Graphpad pri *** 7.0软件,如图所示。

将XY换成Grouped。如图所示。

点击heat map(热图),点击create,开始热图绘制。

接着在Group底下那一栏输入你要研究的基因名称,在table format grouped下方输入组别名称。如下图所示。

点击左侧的graphs底下的Data1,弹出如下对话框。

这里的热图有几种表现形式,你可以挑选你想要的形式,这里选择第四种。

点击ok,即可出现你想要的结果。

点击export,可输出你想要的图片来。这里选择tiff格式。

2021年,新年第一天,我在忙着家里事情的间隙,分成五次(每次大概30min),录制了 TBtools 的热图(Heatmap)功能的介绍与参数详解。

TBtools 热图功能由软件作者 CJ 即本人从零开发。历时三年有余,目前已被广泛应用于系列已发表的SCI论文文稿。相比于常见热图绘制工具,TBtools 热图功能具有以下优点:

两年前,TBtools 热图功能开放伊始。我临时起意并录制过一段30min的教学视频。视频中,我大体讲解了旧版本 TBtools 热图的具体使用细节。而后该视频上传至腾讯课堂,目前已有累计近 5000 人观看,系列好评。在这两年期间,TBtools 热图功能已经经过我大量优化,目前可以做的事情远远超过当年,参数也极为丰富。一直有用户朋友提出让我更新这门课程,索性,我便抽空录制了一份。这门课程,大体情况如下:

TBtools 热图功能追求的是交互和个性化分析,所以并不支持数千上万的基因的表达矩阵快速可视化,这种情况,建议使用其他工具。

没有太多想说的,

祝大伙 2021 年新年快乐!

热图是科研论文中一种常见的可视化手段,而在转录组研究领域,我们常常需要分析一些基因与基因之间的相关性,来判断生物样本中是否存在共表达情况,以及共表达基因模块。除了基因集之间,其他方向,比如免疫细胞群体之间相关性,样本的相关性,也常常用相关性热图的形式进行展示。总而言之,往大了说,任何表征相关性的数值都可以用相关性热图来进行绘制。

常规热图示例

我们先来看看下面这张图,这是一篇发表在  PLoS Medicine  (IF = 11.048) 上的文章图,来看 22 种免疫细胞群体之间的相关性,其中红色的颜色代表正相关,蓝色代表负相关。每一格的数字代表相关系数。这是一种经常会用到的图形,不同于常规热图。常规热图中的每行代表一个观察值,每列代表一个样本,而我们在本次教程中,将为大家带来更高级,也更美观的相关性热图。

相关性热图

Step 1: R 包安装和数据输入

首先是安装必须 R 包,在这里我们需要用到 ggcorplot 和 ggthemes 这两个R包。

然后我们读入R表达谱数据。

数据一共有 10 个样本和 20 个基因,每一行为一个基因,每一列为一个样本,我们需要看这 20 个基因在这 10 个样本中的共表达情况,也就是基因和基因之间的相关性。

Step 2: 相关性计算

为了表示基因与基因相关性,我们除了要计算它们的相关性系数,还需要计算体现其显著性的  P  值。

计算相关性系数并显示前 6 个基因之间的相关性。相关性系数大于 0 为正相关,小于 0 为负相关。

计算基因与基因之间的相关性  P  值,其中  P  小于 0.05 认为这两个基因之间相关性是显著的。

Step 3: 相关性热图绘制

使用 ggcorplot 绘制基因与基因之间相关性热图。

Step 4: 初级美化 Circle

美化第一步,我们将矩形热图改成圆形

是不是大家瞬间觉得眼前一亮?

Step 5: 中级美化 Clustering

虽然有所美观,但是,这样上面一张相关性热图还是存在问题的,大家是否发现热图中的点非常乱,让人没办法捕捉到其中的规律,不容易让人一眼抓住重点。所以,我们要对基因进行聚类。

这张热图,已经是非常漂亮了,放在文章中绝对让人眼睛一亮,正相关负相关基因清清楚楚。

Step 6: 高级美化 Triangle

当然,我们还可以进一步改善。因为相关性之间其实是有对称在的,左上角和右下角的图其实是一样的,这样绘制比较占版面。只绘制左上角的热图,可以让我们的图看起来没有那么臃肿。

Step 7: 终级美化 Label

那么如何显示相关性强弱呢,虽然颜色和点的大小可以看出来,但是毕竟没有那么直观。所以我们将相关性系数加上,并更改热图颜色。

这样基因相关性热图就相当完美了,可以直接放在文章图中,而且比 PLoS Medicine 那篇文章看起来更漂亮呢。

Step 8: 究级美化 Omit

不过,如果我们想知道哪些基因显著性是小于 0.05 的呢,虽然颜色和点的大小以及相关性系数可以看出来,但是如果被老板们问起,模棱两可的回答,可是相当危险的哦。所以,我们把显著性p值加上,并且直接隐藏  P  小于 0.05 的基因。