数据绘图在线绘图-推荐一款在线数据图表制作工具，哪些好用？

相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧!

在circos官网(

/

)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。

打开后界面如下:

以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例,给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例,以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。

绘制circos图

1.数据准备

首先我们要做的就是准备画图所用到的数据,所用数据为物种在各样品中的相对丰度,这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图,数据如下(列名A、B、C为样品,行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类):

OTUABC

Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733

Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.000426249200782749

Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988

Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.02565003004872960.0330226880824598

Lachnospiraceae0.005691857602178260.01390206286339050.0173870923992018

Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.0588340146862225

Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856

Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203110.0274388235522058

Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722

由于网站要求的数据格式为非负整数,故将所有的数据乘1000(系统会自动截掉小数点后的数据),输入数据则变为:

OTUABC

Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733

Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749

Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988

Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598

Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018

Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225

Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856

Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058

Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722

2.绘图

数据准备好就可以来绘制circos图了,只需要导入数据就可以。

生成的图片如下:

可以看到,图中的物种和样品完全是按照字母顺序排列的,我们希望物种和样品分别位列两边,这里可以人为的对其指定顺序。方法也很简单,就是在数据的第一行和第一列用数字来指定顺序。如下:

OTUOTU1   2   3

OTUOTUABC

12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733

10Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988

8Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598

6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018

11Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225

7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856

5Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058

9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722

4Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749

第一行指定了样品的顺序,而第一列按丰度指定物种的顺序。生成图片时要勾选下图红框中的选项(排序所用),不然会报错哦!

新图如下:

图中由于部分物种丰度较低,导致物种名重叠,解决这个问题可以改变文字的布局。这时就需要进行设置了。

3.图片设置

点击"settings"进入设置界面,会有很多的设置选项,可以对图片进行细调。

这里只需要修改两个地方即可,将下图第一个红框改为“no”,可以调整文字为垂直布局,避免重叠;但是如果物种名太长,又可能会超出图片范围,所以要缩小圆圈的半径,即将第二个红框改为small。

修改并保存设置后,重新生成图片:

好了,今天我就先给大家介绍到这里,希望对您的科研能有所帮助!祝您工作生活顺心快乐!

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1.  背景介绍

韦恩图(Venn diagram),是用于展现集合之间大致关系的一类图形,常见于多个或多组样本共有或特有信息的可视化展示。其中,圆形或椭圆形重合部分(overlap区域)就是集合与集合元素的交集(共有部分),非重叠部分即为特定集合的特有元素(独有部分)。韦恩图常用于微生物组研究(扩增子测序、宏组学研究)及转录组相关研究中。

2.  操作方法

操作界面

2.1.  参数设置

l 展示模式(Display mode): Arial或Sens-seirf

l 字体选择(Font family):Arial  或Sens-seirf  或Serif 或Monospace

l 字体大小(Font size):8px  9px  10px  11px  12px  13px  14px

l 是否需要根据统计列表显示统计信息:是 或 否

l 是否显示开关按钮面板(如提供三个以上列表):是 或 否

l 是否用问号(?)代替交叉点计数大小:是 或 否

l 选择列表中的元素: 输入元素名

2.2.  信息上传

有三种文件录入方式进行VENN图的绘制:

2.2.1. 直接粘贴:将对应每个分组(样品名或分组名)中包含的元素直接粘贴到对应的List列表中;在对应样品名或分组名的文本框中,可直接修改样本名/分组名。如下图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:

2.2.2. 单文件上传(适用于一组内只有一个样本的分析):

第一步:定义上传参数

> 分隔方式: 制表符;逗号;分号

>使用第一行作为标题:是   否

第二步:浏览并选择文件:这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:

2.2.3. 元素文件及分组文件上传(适用于一组包含多个样本信息的分析)

第一步:上传元素列表。这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:

第二步:上传分组列表。这里的文件格式为txt格式,每一行为一组,一行内包含每组的每个样本名称信息,样本间可以用逗号分隔开,如图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图

2.3. 作图调整

2.3.1. 颜色调整:点击对应分组名或样本名后的色块,可以直接调整该列显示的作图颜色,点击选择颜色,对应列展示的颜色会自动调整为选择的颜色:

2.3.2. 元素构成展现:

在Venn图中点击对应色块位置,会在左下方提示框中显示该色块内包含的元素构成

2.4.  结果导出:

点击Venn 图右上角按钮,可以选择以PNG、SVG或CSV列表格式导出venn图分析图片及分析结果列表。

其中CSV列表中,包含全部样本组的共有与特有元素信息,如图示(局部):

不是广告哈,我个人使用过一款工具:迪赛智慧数。免费的在线数据图表制作工具,素材模板很丰富可以直接使用,他们还支持扫码投屏、页面展示、预警订阅等等功能。操作不难,10几分钟就可用制作一个好看的大屏,整体使用下来体验感很好。