数据图制作在线生成-这种图片怎么制作 用什么软件

相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧!

在circos官网(

/

)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。

打开后界面如下:

以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例,给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例,以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。

绘制circos图

1.数据准备

首先我们要做的就是准备画图所用到的数据,所用数据为物种在各样品中的相对丰度,这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图,数据如下(列名A、B、C为样品,行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类):

OTUABC

Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733

Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.000426249200782749

Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988

Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.02565003004872960.0330226880824598

Lachnospiraceae0.005691857602178260.01390206286339050.0173870923992018

Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.0588340146862225

Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856

Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203110.0274388235522058

Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722

由于网站要求的数据格式为非负整数,故将所有的数据乘1000(系统会自动截掉小数点后的数据),输入数据则变为:

OTUABC

Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733

Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749

Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988

Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598

Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018

Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225

Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856

Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058

Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722

2.绘图

数据准备好就可以来绘制circos图了,只需要导入数据就可以。

生成的图片如下:

可以看到,图中的物种和样品完全是按照字母顺序排列的,我们希望物种和样品分别位列两边,这里可以人为的对其指定顺序。方法也很简单,就是在数据的第一行和第一列用数字来指定顺序。如下:

OTUOTU1   2   3

OTUOTUABC

12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733

10Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988

8Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598

6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018

11Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225

7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856

5Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058

9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722

4Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749

第一行指定了样品的顺序,而第一列按丰度指定物种的顺序。生成图片时要勾选下图红框中的选项(排序所用),不然会报错哦!

新图如下:

图中由于部分物种丰度较低,导致物种名重叠,解决这个问题可以改变文字的布局。这时就需要进行设置了。

3.图片设置

点击"settings"进入设置界面,会有很多的设置选项,可以对图片进行细调。

这里只需要修改两个地方即可,将下图第一个红框改为“no”,可以调整文字为垂直布局,避免重叠;但是如果物种名太长,又可能会超出图片范围,所以要缩小圆圈的半径,即将第二个红框改为small。

修改并保存设置后,重新生成图片:

好了,今天我就先给大家介绍到这里,希望对您的科研能有所帮助!祝您工作生活顺心快乐!

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这种文字图形是软件TagxeDo――在线云词成像制作工具制作的。

下载软件后,制作很简单,上手即会:

Tagxedo2010年上线完美支持中文,并且支持定义云的外形。Tagxedo将词频,主题,标签很好的结合在了一起。采用Sliverlight,渲染速度很快。它的优点在于可以定制云的外形、可以提取导入的文本或Url内容的关高频词作为构成元素,通过自定义配色,绘制属于你的完美标签云。作者为UCLA计算机本科,卡耐基梅隆计算机研究生及UC伯克利MBA。

需要说明的是使用TagxeDo工具需要安装一个插件,需要先安装Microsoft Silverlight(Silverlight(银光)是一个跨浏览器、跨客户平台的技术,能够设计、开发和发布有多媒体体验与富交互(RIA,Rich Interface Application)的网络交互程序。)

1. 由于实现绘制地图图标功能并不是Excel本身自带功能,因此我们需要另外下载安装相应的插件才行。上网搜索并下载“officemap“。当然,大家也可以直接到小编在参考资料处所提供的链接处获取下载地址。

2.解压并运行其中的安装程序进行安装,此时该插件会一并安装相应的环境支持程序,用于正确的运行该插件。

3.插件安装完成后,首先直接运行Microsoft Office Excel2007程序,然后点击“Office按钮”->“Excel选项”。

4.在打开的“Excel选项”窗口中,切换至“信任中心”选项卡,点击“信任中心设置”按钮。

5.在随后打开的窗口中,切换至“宏设置”选项卡,勾选“信任对VBA工程对象模型的访问”,并点击“确定”完成设置。

6. 接下来再运行桌面上的快捷方式“OfficeMap””模板。此时就会自动更新相关系统环境信息,同时安装OfficeMap插件,在弹出的对话框中点击“是”以安装该插件。

7.如果OfficeMap插件安装顺利的话,就可以在工具面板中找到该插件。

OfficeMap的具体应用

1. 首先创建如图所示的表格数据,其中某一列必须包括各省份信息,从而为绘制地图图表奠定基础。其中的一种数据表格格式如图:

2. 接着选中数据区域,切换至“OfficeMap”栏目,并选择其中的一中图表样式,如“颜色图表”项。

3.此时的效果如图,将以中国地图为基础进行绘制图表。

4.当然,还有其它图表样式可供选择,大家可以根据实际情况来选择。

5.如果想要删除当前图表,只需要右击图表,从弹出的右键菜单中选择“删除”项即可。