在线引物设计官网-小鼠AZ1序列扩增引物怎么做？

可以根据以下步骤操作:

1、NCBI搜索该植物的你想要扩增的基因,下载gene序列。

2、通过在线软件设计引物,其中需要注意的参数如下:

扩增产物长度300-500bp为宜

GC含量40%-60%

引物长度在18-27bp

引物与引物,引物与自身之间不要超过4个碱基互补的现象

引物之间不能出现发夹结构

引物设计的网站有:

NCBI

primer3 plus

primer 5

oligo7等等

3、针对植物的DNA抽提试剂盒抽取样本DNA,稀释到合适的浓度备用

4、扩增试剂盒对特定基因进行扩增

可以直接送PCR产物送sanger测序或者如下操作

5、琼脂糖凝胶跑胶,根据自己引物的大小判断产物是否为自己设计的引物所能扩增的大小。

6、胶回收并将产物送sanger测序,或者是取扩增体系的一小部分进行凝胶电泳,确认条带大小无误后,剩余扩增产物送sanger测序也可以,一般测序公司会进行切胶的。

7、测序公司返回的数据可以和引物设计时的扩增产物进行对比研究,就可以知道是否为该基因了。

一、小鼠AZ1序列在DNA层面的引物设计:

1、NCBI查找基因序列:如下图,点击进入;

网页链接

2、下载序列,选择保守序列进行引物设计;

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可选择CDS区下载序列;

3、复制粘贴导出序列,然后在线引物设计引物;

网页链接

4、引物合成公司合成引物。

二、若是RNA水平,只需要改变CDS区的引物序列以及引物设计时的长度就可以了

从该基因来看,有2个CDS区,需要从两个CDS区中提取出相同序列,然后进行引物设计就可以了,这样设计出的引物算是通用引物,避免了不同转录本之间造成的个别碱基差异的影响。

Primer-BLAST,在线设计用于聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物。

这个工具整合了目前流行的Primer3软件,再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤,设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。