做韦恩图的网站-R绘制维恩图 ―― ggvenn

原创：找图网 2023-04-26 01:39:19

在线绘图|凌波微课云平台搞定venn图

1. 背景介绍

韦恩图(Venn diagram),是用于展现集合之间大致关系的一类图形,常见于多个或多组样本共有或特有信息的可视化展示。其中,圆形或椭圆形重合部分(overlap区域)就是集合与集合元素的交集(共有部分),非重叠部分即为特定集合的特有元素(独有部分)。韦恩图常用于微生物组研究(扩增子测序、宏组学研究)及转录组相关研究中。

2. 操作方法

操作界面

2.1. 参数设置

l 展示模式(Display mode): Arial或Sens-seirf

l 字体选择(Font family):Arial 或Sens-seirf 或Serif 或Monospace

l 字体大小(Font size):8px 9px 10px 11px 12px 13px 14px

l 是否需要根据统计列表显示统计信息:是或否

l 是否显示开关按钮面板(如提供三个以上列表):是或否

l 是否用问号(?)代替交叉点计数大小:是或否

l 选择列表中的元素: 输入元素名

2.2. 信息上传

有三种文件录入方式进行VENN图的绘制:

2.2.1. 直接粘贴:将对应每个分组(样品名或分组名)中包含的元素直接粘贴到对应的List列表中;在对应样品名或分组名的文本框中,可直接修改样本名/分组名。如下图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:

2.2.2. 单文件上传(适用于一组内只有一个样本的分析):

第一步:定义上传参数

> 分隔方式: 制表符;逗号;分号

>使用第一行作为标题:是否

第二步:浏览并选择文件:这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:

2.2.3. 元素文件及分组文件上传(适用于一组包含多个样本信息的分析)

第一步:上传元素列表。这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:

第二步:上传分组列表。这里的文件格式为txt格式,每一行为一组,一行内包含每组的每个样本名称信息,样本间可以用逗号分隔开,如图示:

数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图

2.3. 作图调整

2.3.1. 颜色调整:点击对应分组名或样本名后的色块,可以直接调整该列显示的作图颜色,点击选择颜色,对应列展示的颜色会自动调整为选择的颜色:

2.3.2. 元素构成展现:

在Venn图中点击对应色块位置,会在左下方提示框中显示该色块内包含的元素构成

2.4. 结果导出:

点击Venn 图右上角按钮,可以选择以PNG、SVG或CSV列表格式导出venn图分析图片及分析结果列表。

其中CSV列表中,包含全部样本组的共有与特有元素信息,如图示(局部):

R绘制维恩图 ―― ggvenn

韦恩图,Venn diagram,常用图的一种,用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制,但是R来画也方便,其中ggvenn是基于ggplot2的专门绘制韦恩图的R包。

官方网站:

ggvenn在CRAN上,直接用就可以完成安装:

ggvenn支持list和两种数据格式。这里以三个基因文件为例:

读取三个基因文件:

提取每个文件的基因id,创建list:

绘图:

绘制部分list:

基于R语言绘制韦恩图和多集合的UpSetPlot

韦恩图(Venn plot),又称文氏图,是英国的哲学家和数学家约翰・维恩(John Venn)在1881年发明的,主要是用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,尤其适合用来表示集合(或)类之间的“大致关系”,它也常常被用来帮助推导(或理解推导过程)关于集合运算(或类运算)的一些规律。在我们常用的领域,简单来说就是多个集合之间取交集。

绘制韦恩图有很多方式,R,Python,Perl等,这里主要是用R来展示;在R语言中,绘制venn图有很多包可以实现:Venn, Vennplot, VennDiagram, VennDetail, ggvenn,gplots等。

此文主要展示一下用VennDiagram包绘制高纬度的韦恩图。

这样一个简单的GUOFUYASEWANG(国服亚瑟王)的韦恩图就画出来,通过参数给他加点颜色,美观一下。

增加配色之后好看了不少。

除了用R绘制韦恩图,还可以用网站实现。 / 可以绘制2-6维的韦恩图,不需要学会R也能绘制韦恩图。同学们可以自行探索。

有时候自己需要取交集的数据集太多,韦恩图满足不了,可以采用UpSetplot,它可以将交集数目通过柱状图的方式呈现。以UpSetR包里的movies文件做示例:

这是一个3883行,21列的数据集,包含了1995上映的电影具体情况(如Action是否是运动电影,0表示不是运动电影,1表示是运动电影,以此类推)

该图中

黑色

表示该位置有数据,

灰色

的点表示没有,